En 1811, fue destinado al sur del país y combatió a las guerrillas insurrectas de Albino García, al que apresó en 1812, y de Ramón Rayón, al que derrotó en el puente de Salvatierra en 1813. Ese año comenzó a ejercer como coronel y fue nombrado comandante general de la provincia de Guanajuato, donde siguió persiguiendo a los rebeldes y empezó a ser conocido como ‘el Dragón de Hierro’.
En 1815, siendo comandante general del Ejército del norte, Agustín de Iturbide venció a José María Morelos, pero fracasó ante los hermanos Rayón en Cóporo.
A causa de las denuncias presentadas por los comerciantes de Guanajuato, fue cesado en 1816 por el virrey Calleja acusado de malversación y abuso de autoridad; aunque resultó absuelto gracias al apoyo del auditor de guerra Bataller.
Tomó parte en 1820 en la conspiración denominada la Profesa para oponerse a la implantación de la Constitución de 1812 en México, después del éxito alcanzado por el pronunciamiento liberal de Rafael del Riego en España.