Sirvió también como congreso del estado en 1824, formando parte del entonces congreso que dictamino el cambio de nombre de la Ciudad de Valladolid a Morelia en 1828. Monumento histórico, actualmente funciona como centro cultural donde tienen cabida todo tipo de actividades culturales.
Desde su remodelación y apertura este museo ha albergado una serie de importantes exposiciones con gran valor histórico, antropológico y artístico, con obras de Diego Rivera, Javier Marín, Feliciano Béjar y Francisco Toledo, por mencionar a algunos.
El mural de la cúpula de las escaleras fue elaborado en 2001 por el pintor Adolfo Mexiac (originario de Cuto de la Esperanza) bajo el nombre de «Montañas de Michoacán» y en el se guardan metáforas de la historia de Michoacán y los héroes que formaron parte de ella. Definitivamente la recomendación de visitamorelia.com es que los visitantes deben conocer el Palacio Clavijero de Morelia como un lugar representativo de la ciudad.